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    提交作业
    2019-07-18 15:13 ?

    1、用户通过ssh客户端软件直接登录到集群系统的登录节点上,用命令行的方式提交作业。

    请注意,用户可以在登录节点查看文件,编辑文件,查看作业,查看资源使用情况等。但用户不允许在登陆节点上运行计算程序。


    2、在登录节点上提交作业只允许通过pbs作业调度系统提交作业。

    Pbs提交作业是通过qsub命令来执行,qsub命令通过脚本文件提交作业到作业管理系统,具体格式如下:

    qsub

    PBS作业脚本本质上是一个shell脚本,注释行以“#”开头,pbs运行参数以“#PBS”开头。PBS作业脚本里可以直接调用shell命令和系统命令。脚本里运行参数说明如下表所示:


    3、不同类型的作业在集群计算系统上提交方法

    1)普通的串行程序作业,仅使用一个计算核心即可

    上面为一个普通的串行作业脚本示例,用户可以通过qsub命令,加上该脚本的文件名,就可提交作业。脚本中给指定了作业名称,作业所需资源,作业的运行时间,作业运行所用队列,以及作业执行的目录。用户把作业的可执行文件和目录更换到用户的自己的内容就可成功提交用户自己的作业。


    2) 共享内存并行作业,同一节点内运行的OpenMP或基于threads的共享内存程序,仅使用一个节点内的多个核心。

    该类作业包括OpenMP并行方式的作业,也包括不使用OpenMP而是通过POSIX等系统底层所编写的多线程程序。

    用户请注意,这里的用户申请的节点数,核心数,需要同OMP_NUM_THREADS一致,且该数值不应该超出队列中单节点的物理核心数。同时,还要注意用户可执行程序的输入文件如需要设定OpenMP的核心数,也要同上面的参数设置一致。


    3) MPI并行作业,利用消息传递方式的跨节点的MPI并行程序。

    该类作业为MPI并行方式的作业,请用户注意用户设定的核心数数值不应该超出队列中单节点的物理核心数。


    4) OpenMP+MPI混合并行作业

    该类作业为OpenMP+MPI混合并行方式的作业,请用户注意用户设定的核心数数值不应该超出队列中单节点的物理核心数。


    5) 其它类型的作业提交

    集群系统除了刀片服务器外,还包括胖节点,mic节点和gpu节点。对于胖节点,mic节点和gpu节点上的作业提交,需要用户选择合适的队列提交作业(作业队列必须包含用户打算使用的节点)。其用户自身的计算程序需要支持自身的资源需求,也就是gpu队列上提交的作业,计算程序需要支持gpu,胖节点队列上提交的作业,计算程序需要支持胖节点;mic队列上提交的作业,计算程序需要支持mic节点。


    6)商用软件作业提交方式

    6.1 ANSYS Fluent

    #PBS -N FLUENT

    #PBS -S /bin/bash

    #PBS -l nodes=2:ppn=20

    #PBS -l walltime=24:0:0

    #PBS -q blades

    #PBS -j oe

    cd $PBS_O_WORKDIR

    echo This job id is $PBS_JOBID | tee job_info.log

    echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR | tee -a job_info.log

    cd $PBS_O_WORKDIR

    echo Job start time is `date` | tee -a job_info.log

    echo This job runs on the following processors: | tee -a job_info.log

    echo `cat $PBS_NODEFILE` | tee -a job_info.log

    NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`

    NNODES=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | wc -l`

    PPROCS=$(($NPROCS/$NNODES))

    echo This job has allocated $NNODES nodes, $NPROCS processors.| tee -a job_info.log

    #Generate hostfile for IB

    cat $PBS_NODEFILE | uniq | sort > $PBS_O_WORKDIR/hostfile

    #Job command

    ANSYS_HOME="/public/software/apps/custom/ansys_inc/v180"

    FLUENT="${ANSYS_HOME}/fluent/bin/fluent"

    $FLUENT 3ddp -t$NPROCS -mpi=intel -cnf=hostfile -g -i inputfile.jou 2>&1 | tee -a fluent.txt

    echo End time is `date`| tee -a job_info.log

    #rm -f $PBS_O_WORKDIR/mpi.hosts

    pkill -P $$

    exit 0

    6.2 更多

    更多pbs脚本示例参考:/public/software/pbs_examples

    abaqus.pbs lammps.pbs

    adf.pbs matlab.pbs

    ansys_apdl.pbs ms_castep.sh

    ansys_fluent.pbs

    ansys_lsdyna.pbs OpenFOAM-intelmpi.pbs

    comsol.pbs OpenFOAM-openmpi.pbs

    dftb-plus.pbs OpenFOAM.pbs

    g09.pbs orca3.pbs

    g16.pbs orca4.pbs

    gromacs.pbs starccm.pbs

    IntelMPI_exp.pbs vasp-mlnx.pbs

    lammps_kk_cu_gdr.pbs vasp-mvapich2.pbs

    lammps_kk_cu_hpcx.pbs vasp.pbs

    lammps_kk_cu_opmi.pbs

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